Labo intégré en sciences de la vie II
BIO-204 / 3 crédits
Enseignant(s): Bezler Alexandra, Grisoni-Neupert Barbara
Langue: Français
Retrait: Il n'est pas autorisé de se retirer de cette matière après le délai d'inscription.
Remarque: Donné tous les 15 jours par groupe
Résumé
Les étudiants appliquent des techniques de base en biologie moléculaire pour cloner un cDNA d'intérêt dans un plasmide d'expression afin de produire la protéine correspondante dans des cellules de mammifères. Ils purifient la protéine recombinante et la caractérisent biochimiquement.
Contenu
LISV I+II (cours annuel)
Projet: Clonage d'un ADNc cible et expression de la protéine dans des cellules de mammifères
Théorie et pratique des techniques suivantes :
- Bonnes pratiques au laboratoire
- Techniques stériles: travailler avec des bactéries et cellules de mammifères
- Isolation de l'ARN total des tissues de souris
- Contrôle de qualité d'acides nucléiques à l'aide d'un spectrophotomètre (NanoDrop ) et par electrophorèse sur gel d'agarose
- Transcription inverse (synthèse d'ADNc)
- Design d'amorces
- Réaction en chaîne de la polymerase (PCR)
- Digestion par enzymes de restriction
- Ligation d'ADN
- Transformation de bactéries compétentes E.coli
- Cartographie de restriction
- Analyse de sequence de plasmides
- Transfection de plasmides dans des cellules de mammifères
- Culture de cellules de mammifères
- Quantification de proteins d'extraits cellulaires
- Electrophorèse de protéines sur gel de polyacrylamide avec SDS
- Western blot
- Purification par chromatographie d'affinité d'une potèine de fusion 6X-His-tag
- Essai d'activité enzymatique
- Cinétique enzymatique
Mots-clés
Clonage d'ADNc, transfection d'ADN plasmidique, expression de protéines, purification de protéines, essai enzymatique
Compétences requises
Cours prérequis indicatifs
BIOENG-110 Biologie Générale
BIO-205 Cellular and molecular biology I
BIO-207 Biologie cellulaire et moléculaire II (en parallel)
Concepts importants à maîtriser
Acquis de formation
A la fin de ce cours l'étudiant doit être capable de:
- Utiliser des micropipettes
- Appliquer des techniques expérimentales de base en biologie moléculaire et cellulaire et en biochimie
- Expliquer le principe des methodes utilisées
- Manipuler des acides nucléiques, des proteins et des cultures de bactéries et de cellules de mammifères
- Conduire une expérience
- Appliquer les règles de sécurité en laboratoire
- Utiliser des outils web de biologie moléculaire
- Elaborer des amorces PCR
- Choisir ou sélectionner une stratégie de clonage
- Analyser des fragments d'ADN par électrophorèse sur gel d'agarose
- Analyser des protéines par électrophorèse sur gel de polyacrylamide avec SDS
- Utiliser une courbe d'étalonnage
- Utiliser le microscope optique
- Interpréter des données expérimentales
- Concevoir une expérience avec des contrôles appropriés
- Choisir ou sélectionner des techniques expérimentales appropriées dans un contexte différent
Compétences transversales
- Utiliser une méthodologie de travail appropriée, organiser un/son travail.
- Evaluer sa propre performance dans le groupe, recevoir du feedback et y répondre de manière appropriée.
- Utiliser les outils informatiques courants ainsi que ceux spécifiques à leur discipline.
- Recueillir des données.
- Ecrire un rapport scientifique ou technique.
- Résumer un article ou un rapport technique.
Méthode d'enseignement
A l'exception des séances d'introduction ex cathedra, l'enseignement est donné par l'alternance hebdomadaire de séances pratiques au laboratoire et de semaines libres pour le travail personnel (cahier de labo, rapports).
Travail attendu
Participation au cours.
Lire et étudier des documents écrits avant chaque session de travaux pratiques.
Organisation du travail au sein du groupe (partage des tâches).
Réalisation des expériences en suivant la procedure indiquée.
Application des règles de sécurité en laboratoire.
Rédaction d'un cahier de laboratoire électronique (ELN)
Résolution des exercices.
Analyse des données expérimentales.
Rédaction de rapports de laboratoire.
Méthode d'évaluation
Contrôle continu
Cahiers de laboratoire /Rapports écrits / Tests
Encadrement
Assistants | Oui |
Ressources
Bibliographie
- Alberts B. et al., (2008). Molecular Biology of the Cell. Fifth Edition. Garland Science.
- Reece, Jane B., et al. (2011) Campbell Biology. Ninth Edition.. Pearson Education.
- Sambrook J.and Russel D. W. (2001). Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Third Edition. Cold Spring Harbour Laboratory, Cold Spring Harbour, NY
- A Short Guide to Writing about Biology (8th ed.) / J. Pechenik / Pearson / 2013
Ressources en bibliothèque
- Molecular Cloning / Sambrook
- A Short Guide to Writing about Biology / Pechenik
- Campbell Biology / Reece
- Molecular Biology of the Cell / Alberts
Polycopiés
Manuel de cours
Documents de cours affichés sur Moodle
Préparation pour
Project in bioengineering and biosciences (BIOENG-390)
Lab immersions (BIO-501, BIO-503, BIO-504)
Dans les plans d'études
- Semestre: Printemps
- Forme de l'examen: Pendant le semestre (session d'été)
- Matière examinée: Labo intégré en sciences de la vie I,II
- TP: 3 Heure(s) hebdo x 14 semaines
- TP: 3 Heure(s) hebdo x 14 semaines
- TP: 3 Heure(s) hebdo x 14 semaines
- TP: 3 Heure(s) hebdo x 14 semaines