Eléments de cheminformatique
Résumé
Introduction aux concepts de base de cheminformatique et aux principaux outils utilisés. Applications potentielles de ces outils en recherche pour la gestion de l'information.
Contenu
- Stockage de l'information: LIMS-ERM- ELN
- Différents formats de données (Refer, Medline, SMILES, MOL, SDF; PDB, JCAMP, PDF...)
- Structures chimiques: 1. canonisation et recherche par structure exacte 2. symmétrie, stéréochimie 3. "fingerprints" 4. recherche par sous-structure
- Analyse et utilisation des données
- Page WEB, Javascript/Applet, utilisation de Jmol
- Exportation et partage de l'information chimie
- "data-mining" et création de modèles empiriques pour la prédiction de données
Mots-clés
cheminformatiques, data-mining
Compétences requises
Cours prérequis obligatoires
Un cours de chimie organique
Cours prérequis indicatifs
Le cours nécessite des connaissances de base de chimie
Acquis de formation
A la fin de ce cours l'étudiant doit être capable de:
- Chercher l'information chimique dans des bases de données
- Organiser les données chimiques
- Utiliser différents formats de données chimique et effectuer des conversions
- Analyser des données chimiques et en extraire une connaissance
- Discuter des différents formats de stockage des données
- Expliquer quelques méthodes permettant la création de modèle de prédiction
- Décrire les algorithmes permettant la recherche par sous-structure, la canonisation de molécules, la similarité de molécules et la recherche de réactions
Compétences transversales
- Accéder aux sources d'informations appropriées et les évaluer.
- Faire preuve d'esprit critique
- Utiliser les outils informatiques courants ainsi que ceux spécifiques à leur discipline.
Méthode d'enseignement
Ex Cathedra et exercices sur ordinateur
Travail attendu
Présentation d'un site web
Présentation d'un sujet approfondissant les notions vues au cours
Présentation d'un résultat d'analyse
Méthode d'évaluation
Continu
Ressources
Bibliographie
Fournie au cours et sur http://e-chemistry.epfl.ch
Sites web
Liens Moodle
Dans les plans d'études
- Semestre: Printemps
- Forme de l'examen: Pendant le semestre (session d'été)
- Matière examinée: Eléments de cheminformatique
- Cours: 2 Heure(s) hebdo x 14 semaines
- Exercices: 1 Heure(s) hebdo x 14 semaines
- Type: obligatoire
- Semestre: Printemps
- Forme de l'examen: Pendant le semestre (session d'été)
- Matière examinée: Eléments de cheminformatique
- Cours: 2 Heure(s) hebdo x 14 semaines
- Exercices: 1 Heure(s) hebdo x 14 semaines
- Type: optionnel